Transformers Armada empieza en la Tierra cuando tres niños descubren una caja de Pandora del planeta Cybertron. Rad, Carlos y Alexis desentierran una antigua batalla entre Autobots y Decepticons cuando la vieja caja se abre. Autobots y Decepticons batallan para tener el control de una tercera raza de Transformers, los Mini-cons. Históricamente un grupo neutral, los Mini-cons son ahora la llave de una crucial fuente de poder y cuando ellos se conectan con otros Transformers, tienen la habilidad de ampliar la fuerza y poder de los Transformers más grandes.