Han pasado 3 años desde aquellas aventuras en el mundo Digimon. Los niños elegidos han crecido, y ahora estudian en el instituto. Pero una nueva amenaza aparece en el mundo digimon, y sólo unos nuevos niños elegidos pueden afrontarla. Nuevos Digimon, nuevos niños elegidos, y, por supuesto, los niños y digimon de siempre se embarcan en esta nueva aventura para salvar al Mundo Digital del poder de la oscuridad.