Crash Bandicoot Warped te introduce en una montaña rusa a través de diez épocas distintas de la historia de la humanidad. Desde las ardientes corrientes de lava y los géisers de vapor de la prehistoria, hasta los rayos láser y las cortezas robóticas del futuro, el trabajo de Crash y Coco queda interrumpido si tienen que detener a su enemigo Neo Cortex y su nuevo compinche Uka-Uka.